民营研发型企业，一般具有“四高”特点：即科技人员集中度高，一般占职工比例的50%以上，有三分之一以上科技人员专职从事新产品的研发工作，研发能力比较强；研发经费投入高，一般占产品销售额的5%至10%以上，有些新产品（如生物医药）的研发要连续投入5至10年以上才能形成产品；产品的技术含量高，绝大多数是由具有发明专利的科技成果转化而成，拥有自主知识产权；产品的市场开拓和经销费用高，除产品适应市场需求外，要投入很大的人力、物力和财力，用新思想和新概念去引导市场发展。这类研发型民营高新技术企业，实质上就是"中共中央、国务院关于实施科技规划纲要增强自主创新能?Phi;木龆?中强调鼓励发展的创新型科技企业。
这类创新型科技企业，手中有技术、有产品，又有市场需要，为什么它们的成长速度在"九五"、"十五"期间反而比加工型、房产型等企业慢？不少企业家反映，其主要原因是由于我国的体制、机制以及税收、投资等环境政策不完善所造成的。就现行的税收政策来说，不是在激励技术创新，而是在严重地束缚这类研发型企业的技术创新和成长发展。目前反映的突出问题有以下四个方面：
1、我国现行的增值税是生产型增值税，它所实行的原则（应纳税额=当期销项税额-当期进项税额）只有利于加工型、房产型这类企业发展，而不利于研发型企业成长。由于研发型企业主要靠智力劳动，所消耗的原材料、动力等成本多数只有30%以下，不及加工型、房产型企业的半数，一些软件产品占主要成分的企业，原材料等费用更是少数，因而能抵扣的当期进项税额十分有限，自然所形成的应纳税额就高。目前民营研发型高新企业中，增值税负担要占70%以上，有的甚至超过80%，产品在生产过程中形成的增值大部分交了税，不利于企业的继续扩大投入。
2、现行增值税的进项税额中，不允许抵扣购买固定资产设备费用，这不利于技术创新。民营高新技术企业的技术创新，主要是靠人才的智力水平和先进的技术设备，两者相辅相成，缺一不可，只有先进的人力水平加先进的技术手段，才能生产出先进的产品。为了研发高新技术产品，民营高新技术企业在购买先进技术设备方面，一般成本高昂，所应用的一些高新技术也逐步物化在所购买的技术设备中，而这些设备不允许在进项税额中抵扣，一律放在固定资产折旧中处理，一方面资金回收速度缓慢，另一方面又加重了企业的纳税负担，不利于企业的技术创新。
3.现行企业所得税中规定的“计税工资”限额太低，不利于技术创新。为了赶超世界先进技术水平，我国民营高新技术企业多数保持了一个科技人才高度密集的集体，有的企业科技人员竟高达80%以上，为使这个队伍保持旺盛活力，企业在工资、奖金和福利方面给予了优厚的待遇，其人均月工资水平要大大高于一般工业企业，多数科学家和工程师的月工资一般在东部省市为8000元至万元以上，其工资奖金总额已是生产成本的主要组成部分，有的要占成本的20%以上。而企业所得税中规定的计入成本的“计税工资”限额，只有900元至1200元的范围，在此范围以外的工资、奖金要企业从税后利润中支付。这样做，一方面加大了企业人力资本的负担，，大大减少了税后的纯利润，无力继续扩大技术创新的投入；另一方面在企业用税后利润发放职工工资、奖金时，为稳住人才，还不得不替个人交一次个人所得税，就造成了重复交所得税现象。
4.现行企业所得税中规定按计税工资1.5%至2.5%的比例抵扣职工教育经费，这个限额不合理，也不利于技术创新。民营开发型高新企业，一般都是学习型企业，职工的培训教育任务十分繁重，不仅每个新产品、新工艺出台时要对职工系统进行培训，有些为长远战略着想，还要分期分批将科技人员或职工派往国内外重点高校、重点科研究院所专门进行培养，以保证企业的科技进步。不少研发型企业反映，他们的职工教育经费早已突破1.5%至2.5%计税工资限额，这个限额太低，不利于企业加强职工的技术教育和提高科学技术水平。
综合以上几方面情况，民营开发型高新企业不仅增值税 的负担很重，其所得税的负担也很重。目前各种税收加在一起，民营开发型高新企业要占产品销售额的8-11%，有些甚至超过11%。这个比例要比一般加工制造企业高1.7倍（一般加工制造业企业平均交税为4%左右），比房产型企业高出1.2倍（一般房产型企业平均交税为5%左右）。而且越是创新，企业所交的税就越重。
为鼓励企业技术创新，2006年2月7日国务院国发[2006]6号文件对税收激励问题提出了8方面的政策措施，这从根本上突破了现行增值税和企业所得税条例的框框，受到广大民营科技企业的拥护。为尽快落实这些政策措施，推进现有税 收条例的修改，针对上述问题提出如下几点对策建议：
第一，国务院提出允许企业按当年实际发生的技术开发费用的150%抵扣当年应纳税的所得额。此项政策对一般的工业企业是合适的；对于研发型的民营高新技术企业来说，建议在增值税中抵扣为佳，因为这类企业可抵扣的进项税额太少，应交的增值税额太重。
第二，国务院提出允许企业用于研发的仪器设备，单价在30万元以下的可一次或分次摊入管理费，而单价在30万元以上可采取加速折旧的政策。建议加速折旧的年限参考发达国家制定的标准执行，以保证企业尽快收回投资用于技术创新。
第三，在严格审核和认定的基础上，对研发型民营高新技术企业以发明专利、重大国家科技成果产业化为基础创造的国家级名牌产品、国家级重点新产品等实行增值税收优惠政策，以推动企业品牌产品建设，为这类企业技术创新和加速成长提供环境条件。
第四，如果当前国家为保证税收增长，还没有实力做到将内资民营高新企业人员工资、奖金全部划入企业成本核算，在所得税前据实扣除，建议先将科技人员的工资、奖金等全部进入企业成本，在所得税前据实扣除，以推进这类企业的技术创新。
第五，开发型民营高新企业的职工教育经费，对于提高企业职工素质、推进企业科技进步具有重要的作用，建议在进一步明确具体范围的基础上，放宽比例限制，可在所得税前据实扣除。
第六，针对开发型民营高新技术企业“四高”的特点，要改革目前的生产型增值税，向消费型增值税转型，国家仅有东北地区的改革试点经验还是不够的，建议在北京科技园区和深圳高新区进一步试点，以取得更为全面的改革经验。
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