我国自1994年开始运行生产型增值税；2008年11月5日，国务院第34次常务会议决定自2009年1月1日起在全国范围内实施增值税由生产型向消费型的改革。这标志着我国增值税改革向前迈出了重要一步，必将对我国宏观经济发展产生积极而深远的影响。但此次修订条例主要是为了增值税转型改革的需要，时间紧迫，基本上没有对优惠政策做出新的调整。由于增值税是一种中性税，具有链条式的抵扣机制，因而从税收效率角度看，增值税本身非常排斥减免税。因此，作为完善增值税的内容之一，加紧清理与生产型增值税相关的优惠政策，堵塞管理漏洞，对规范我国税制有着十分重大的意义。
一、清理现有增值税减免税政策、完善我国税制的意义重大
1、增值税改革顺应了我国经济发展形势，有利于保持经济平稳较快发展。
受美国次贷危机影响，金融危机已波及欧洲、亚洲、拉丁美洲，全球经济增长出现放缓势头，一些国家甚至出现经济衰退的迹象，金融危机正在对实体经济产生重大不利影响，中国经济的发展也受到了冲击。在这种形势下，适时推出增值税转型改革，对增强企业发展后劲，提高我国企业竞争力和抗风险能力，克服国际金融危机对我国经济带来的不利影响具有十分重要的作用。此项改革财政预计将减收超过1200亿元，是我国历史上单项税制改革减税力度最大的一次，相信这一政策的出台对于我国经济的持续平稳较快发展会产生积极的促进作用，加快我国产业结构调整和经济增长方式的转变。
2、配合增值税改革，推进增值税全面转型。
生产型增值税规定不允许将外购固定资产的价款（包括年度折旧）从商品或劳务的销售额中抵扣，在经济生活中重复征税现象普遍，特别是资本有机构成较高的行业，重复征税问题较为严重，因此，我国在1994年税制改革之后，陆续出台了一些增值税优惠政策，包括减税、免税和退税，以照顾特定行业纳税人，促进特定产业发展。如今，增值税向消费型转型，规定全国所有增值税一般纳税人新购进设备所含的进项税额可以计算抵扣，降低了纳税人税负，消除了重复征税因素，因而需要相关的优惠配套政策及时修订，配合增值税的全面改革，使税收制度更加符合科学发展观的要求。
3、有利于体现增值税的“中性”特征和税收公平原则，减少对经济的扭曲。
在生产型增值税实施阶段，国家为促进部分地区或者行业的发展，由此制定了相应的税收优惠政策，人为因素的干扰使得全国范围内和各行业之间税负存在差异。清理目前的增值税减免税政策，充分发挥其收入功能，降低税收对经济的调节功能，还原增值税的“税收中性”作用，可以最大限度的减少税收对经济的扭曲，保证税制的统一和规范，促进纳税人之间的公平竞争。
二、现行增值税税收优惠政策的缺陷
我国在1994年税制改革之后，为了照顾特定行业纳税人，促进特定产业发展，陆续出台了一些增值税优惠政策，主要包括减税、免税和退税等。但这些税收优惠政策打破了增值税环环抵扣的机制，反而与增值税“税收中性”的本质相悖，主要存在以下几点缺陷：
1、生产经营者销售产品享受减免税优惠政策，容易造成抵扣“链条”的断裂与重复征税。
增值税是一种中性税，具有链条式的抵扣机制，环环相扣，上环节减免的税款将自动在下环节补征上来，因此，从税收效率角度看，增值税本身非常排斥减免税，因为它会破坏链条的完整性。根据我国税法规定：用于免征增值税项目的购进货物或者应税劳务不准予抵扣进项税额。增值税作为价外税，税负的最终归宿为消费者，在制造、批发等中间环节减免税，生产经营者并不能从中受益，不仅如此，还会由于销售免税产品不能享有进项税额抵扣权以及由于无法出具免税产品的专用发票等扣税凭证，导致购买者不愿从免税企业购进商品的消极效应，加大了销售商的困难。
另一方面,如果免税经销商出售的免税商品不是最后的销售,而是作为生产经营投入物进入下一阶段的生产经营，则免税产品销售价格中包含的税金因素，将成为一切购买该产品以制造新产品的成本。即使用该免税商品生产的产品完全是增值税系统的一部分，生产者也无法要求对其生产投入物予以免税，从而使得这一部分税金在以后的环节不作为增值税额被重复征税。例如，2005年7月1日，根据财税[2005]87号文《关于暂免征收尿素产品增值税的通知》，尿素生产企业暂免征增值税。这本来是一项保证化肥供应、稳定化肥价格的积极举措，却使以外购尿素为原料的企业在该政策改变后增值税税负增加。
2、现行的先征后退、即征即退等优惠措施尚不规范。
目前，我国为了扶持企业的发展，规定了在一定期限内对一些行业和项目实行政策性减免，如对利用城市生活垃圾生产的电力即征即退，对收购货物出口的外（工）贸企业实行先征后退等。这些政策在“十五”期间已发挥了重要作用，但也不可否认，这一优惠政策在具体执行中还存在许多问题，在一定程度上削弱了政策效应。
增值税“先征后退”、“即征即退”政策执行不到位，有些政府从本地区利益出发，根据本级财力状况确定是否办理增值税先征后退、即征即退，推延退税申报时间或退库时间，延迟退付税款，致使国家优惠政策不能完全执行到位，损害了纳税人的利益。税法规定不具体，使得造成纳税人误解，少缴税款；例如，对于软件企业销售产品时收取的培训费、维护费、软件升级费等价外费用，是否享受即征即退增值税政策，目前全国尚未有统一规定。退税单位收到增值税退款后应计入“补贴收入”科目，对未指定专门用途的退税资金并入企业纳税所得额，缴纳企业所得税；对规定专款专用的退税资金，免缴企业所得税，建立转账专户制度，专户存放，专账核算；但目前部分企业会计处理“五花八门”，有的计入“资本公积”，有的计入“其他应付款”，且大多没有专户储存，与其他资金捆绑使用，很难保证具有制定用途的资金不被挪用。
3、存在“出口退税率陷阱”，破坏了出口退税政策的整体性。
世界上大多数国家为了鼓励本国产品出口，纷纷对出口货物实行增值税退税政策，通过调节出口退税率，可以实现对出口货物价格中所含增值税款的全额、部分退税或不予退税。出口退税旨在降低出口企业生产成本，提升其国际竞争力；但由于政策的不完善性，存在“出口退税率陷阱”，部分出口企业实际税负比出口货物按照实际视同内销征税口径计算的税负更高，甚至宁愿不申报退税，而按照视同内销征税口径缴纳增值税。
“出口退税率陷阱”是指出口退税政策对特定的退税计算要素进行限制性规定，使得退税率取值范围不一定介于零税率和法定增值税税率之间，而仅能在介于出口退税率陷阱边沿和法定增值税税率之间的区间；在零税率至出口退税率陷阱边沿范围内的税率陷阱区域，无论出口退税率怎样调节，均无法取得出口退税政策激励出口行为的预期效果，因而出口退税率的连续可调节性就会因此受到破坏，出口退税政策会出现不应区间或失效盲区。
此陷阱的存在不仅使出口退税政策出现失效或不应区间，更使出口退税率工具的应用范围受到限制。同时客观上为企业寻求税收利益最大化的筹划行为增添了机会，增加了企业在货物出口后不申报退税的可能性，加大了税务机关对出口退税管理的难度。
三、规范现行增值税优惠政策的建议
1、严格制定增值税的减免政策，遵循增值税税制。
增值税之所以倍受各国政府青睐，与它对经济活动具有的“中性”效应分不开。增值税的应税商品在任何一个流转环节上的负担，不受商品流转环节多少的影响；且绝大多数商品和劳务采用同一比例税率，实行等比负担，因而其税收的干预、诱导能力大大弱化，在一定意义上有利于发挥市场机制对资源配置的主导作用。所以国家在制定相关优惠政策时，应该遵循增值税这一中性特征，确保符合增值税“环环相扣”的特点，减少人为因素的干扰，在全国范围内和各行业之间减少享受税收优惠政策的差异，充分发挥其收入功能，而尽量避免将其作为税收调控工具使用，最大限度降低对经济的扭曲。
2、逐步清理与消费型增值税相悖的优惠政策，有效推进增值税的全面转型。
此次修订方案除取消进口设备增值税免税政策和外商投资企业采购国产设备增值税退税政策与恢复矿产品17%的税率外，其他现有优惠政策很少涉及。因此，有必要将与生产型增值税相关的优惠政策加以清理，取消不规范的规定，配合消费型增值税的改革，规范完善税制，堵塞管理漏洞。同时，随着增值税改革的推进，如果将增值税扩大到所有劳务领域，则需要注意调整中央与地方财政关系；地方财政收入将会大幅度减收，将面临重新划分增值税的分成比例问题，也可考虑采取相应的针对性的转移支付方案。
3、税务部门加大征收力度，防止税收收入的流失。
税务部门的征收力度，税务工作人员的业务素质也是影响税款是否及时上缴国库的重要因素。税收优惠政策是人为地强化了增值税抵扣链条的断裂，使得抵扣变得混乱和复杂，容易滋生各种避税、骗税行为；税务部门要加大征收力度，提高业务水平，既要严格防止税款的流失，也要维护纳税人的合法权益。
2009年1月1日，增值税的全面转型迈出重要的一大步，增值税优惠政策的特殊性也要求我们树立新的观点。我国生产型增值税优惠政策的遗留问题是与“税收中立”与“税收公平”相违背的，其修订的紧迫性不言而喻，要加紧清理，推进增值税全面转型，规范和完善增值税制度，使税收制度更加符合科学发展观的要求，并为最终完善增值税制、完成全国人大常委会要求5年内制定增值税法的任务创造条件。
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