（1）把流程管理等同于岗位工作程序的界定。
流程管理不等于岗位工作的程序化管理。岗位工作程序化管理，是对岗位职责内的工作，理出轻重缓急的头绪，确定出先后顺序后，作出程序安排。而流程管理强调的是对企业组织运行整体作出全过程的程序安排和目标约定。流程管理是跨单位、跨部门、跨岗位的。并且，它也不仅仅是安排一个活动顺序，对于活动的内容、方法、标准等等，都要全面作出界定。
（2）把流程管理等同于岗位工作细节标准的界定。
流程管理也不是仅仅对岗位工作职责的履行，从细节上进行界定。在岗位内部所要完成的工作，也可以按流程来组织，即包括对履职活动的事项内容，活动的方式方法，活动的标准要求都作出界定。如果岗位职责履行细节都进行了这种界定，这也仅仅是岗位工作的流程管理。而流程管理却是跨越岗位、跨越单位、跨越部门的，每一个单位或部门的特定岗位角色，仅仅承担这其中一项或几项活动，而且相互之间都存在一个流程活动衔接标准界定问题。
（3）把流程管理等同于企业物流营销管理。
很多人把流程管理简单地等同于广义的物流管理——物流营销管理。在整个企业组织的运行过程中，广义的物流仅仅是企业组织运行中的一个方面的内容，广义物流管理远远不能代表流程管理。一个企业可以重点选择对企业组织运行过程中的某些活动过程进行设计、规划，重点控制，但不能说流程管理就是广义物流管理。正是这一原因，作者在流程之前加上了“运行”二字。运行流程的外延包含业务流程、管理流程和工作流程三个概念的外延。
（4）把流程管理与企业组织运行过程分离。
有些企业进行流程重组，撇开信息流、人流和资金流运动，仅仅以物流营销的组织过程为线索，这也就实际上把物流过程从整个企业组织运行的过程中分离开来了。这也是很多企业运用BPR技术失败的一个重要原因技术。物流没有信息流运动引导，没有人流运动支持，没有资金流运动控制，物流运动也就不可能有效地运动起来。
（5）把流程管理置于行政权力框框之内实施。
有的企业没有形成流程管理意识，把流程管理作为等级控制的一种补充。尽管这也可以在一定程度上起到提升企业管理水平，增加企业组织运行效益的目的。但这种意义上的流程管理，却是一种跛脚的流程管理，往往权力指令会成为流程运行的障碍，人为地造成流程运行中断。要保证流程管理的效果，真正通过流程管理全面提升企业组织运行的效益，减少浪费，也就必须突破权力等级的限制。

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